上海医学院
复旦大学医学院是两校合并后重新组建的学院，学院拥有一支国内一流的教学师资和科研队伍，其中既有一批在国内外享有盛誉、学术造诣深、医术精湛的老专家教授，又有一批近年来迅速成长起来的、出类拔萃的中青年学术骨干和学科带头人。
学院有国家重点学科11个，医学神经生物学实验室为国家重点实验室。有博士点23个、硕士点30个、博士后流动站2个。学院有中国科学院院士2名，中国工程院院士4名，教育部长江计划特聘教授5人、复旦世纪之星6名，校特聘教授1名，教授205人（博士生导师124人）、副教授192人，其他正高78人，副高343人。
药学院
药学院创建于1936年，是全国医药院校中最具影响的药学院之一。学院设本科专业1个、硕士点6个、博士点5个。药学学科具有一级学科博士学位授予权、系上海市一级学科重中之重建设学科。药物化学学科为上海市重点建设学科。学院设有药学研究所、《中国临床药学》杂志社等机构。
学院有教授、研究员26人（博士生导师12人）、副教授、副研究员33人（硕士生导师36人）。 治学严谨、基础扎实、动手能力强是该学院的教学特色。学院共培养本科毕业生近5000名、硕士和博士研究生近300名，其中五位已成为中国科学院、中国工程院院士。
公共卫生学院
公共卫生学院建立于1952 年，是全国最早设立的6个公共卫生学院之一。学院的 社会医学与卫生事业管理为国家重点学科，预防医学为一级学科博士授予单位。学院设预防医学、公共事业管理学2个专业，6个硕士点、4个博士点。另设预防医学研究所、世界卫生组织（上海）职业卫生合作中心等科学研究机构，2个博士后流动站。学院有教授17人（校特聘教授1人），副教教授22人。
护理学院
该学院是全国最早成立的护理学院之一，在国内护理界有着良好的声誉。多年来，学院以“面向21世纪，发展有中国特色的护理教育事业，培养多层次、满足社会需求的一流护理人才”为目标，依托复旦大学自然科学和人文社会科学学科综合的优势、大学各附属医院所提供的良好地教学实习条件，形成了一个注重自然科学与医学基础、关注人文精神、以课堂教学与护理实践相结合的教学体系。学院现有教师60人，其中教授1名，副教授14名。学院承担护理专业硕士生、本科生、高职高专等不同层次的护理人才培养工作，白衣天使在这里起步。
