最后的学生时代研究生的炼狱（FROM光华）

[257350] 主题：最后的学生时代研究生的炼狱（FROM光华）

	作者： FADAI (花钱发呆)
	标题：最后的学生时代研究生的炼狱（FROM光华）[转载]
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	发贴时间： 2004年07月28日 17:55:58
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	在光华生科版看到这个，颇有启发顺便也猜到了作者是哪个实验室的，KAKA～发信人: qqz (球球), 信区:biology 标题: 最后的学生时代研究生的炼狱之做实验发信站: 饮水思源 (2004年07月21日12:48:12 星期三) 本来想空下来写，但是却越来越忙，看来要是不是一天写一点的方法,只有等退休后才能有空写了。现在版上实验技巧讨论的很多，让我想起来研究生时经过的磨练。我毕业论文在植生所做的，本来以为已经出师了，到自己做研究生才发现，好象只有抽质粒出师了。对研究生最重要的莫过于导师，我的导师说过，导师不行，学生再好也不行了，我觉得一点没错。那么怎么算个好的导师呢。刚进组的时候，组里只有6个研究生，整天在做什么，老板一清二楚。这显然有利于良好实验习惯的培养。到美国来发现这里大多实验室中研究生做实验都时没有人带的，所以做不下去了，就做不下去了，自然淘汰。生存下来的，确实都是自己独立研究的材料。也许是廖老师做实验太厉害了，一开始，挨了许多训，有的训还相当厉害。记得最打击的一次是我二年级刚开始的时候，其实当时也不能算是我自己完全没有动脑筋，但老板一时火起，说，现在做什么简单的不丁，以后更不丁！现在仍然记得那天中饭没吃。这对充满了浪漫科学梦想的我无疑是个沉重的打击，对信心的打击无疑是所有打击中最沉重的，幸好我没爬下。同学，老婆都评价我，是个牛皮糖，一心要做成的事不成不罢休，做实验是这样，追mm是这样，追博后的老板也是这样。还有当时我其实自己老在动脑筋，但经验不足，所以脑筋动的大多不是地方,老板就生气了，拿同实验室的哥们跟我比较，你看谁，我叫他怎么做就怎么做，做一个成一个，你呢？叫你怎么做非要给我modify一把，结果不 work. 我被骂了数次后，脸皮厚了，经验也随脸皮成长起来了。这仿佛是个必经的过程，动脑筋没错，但在经验不足的时候总会帮倒忙，可能也是因为我当初确实基础不好，在大学得到的训练太不足。在研究生实验室中学的最多的是做蛋白的技术和做核酸的技术，现在看来，大多原理相通，所以研究生阶段在一个正规实验室接受这些基本训练是非常宝贵而难得的。常常听见有人说，这个，我做过，但做的不好，ok, save it! 在我们抱怨一些东西没有人告诉我们时，老板就说，我做研究生的时候，没有人告诉我，我怎么就知道呢？因为动了脑筋，现在实验室里有几个不动脑筋的，我火极了也想跟他们说，没人告诉我，我怎么知道呢。：）一个成功的导师，对研究生实验技巧的指导，应该是必须的，我认为。今天差不多了，还得码英文字呢，9页的grant，这辈子没码过这么洋文。 -- 所谓自由，就是追求真理的自由。 -- ※作者已于 2004-07-28 17:56:29 修改本文※ -- ※作者已于 2004-07-28 17:57:29 修改本文※
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	作者： FADAI (花钱发呆)
	标题： Re: 最后的学生时代研究生的炼狱（FROM光华）
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	发贴时间： 2004年07月28日 17:57:02
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	发信人: Rynn (锐恩), 信区: Life_Science 标题: 最后的学生时代研究生炼狱之思考课题(ZZ) 发信站: 日月光华 (2004年07月25日19:48:05 星期天), 站内信件发信人: qqz (球球), 信区:biology 标题: 最后的学生时代研究生炼狱之思考课题发信站: 饮水思源 (2004年07月22日13:42:58 星期四) 老麦生病住院了? 表示亲切慰问，养好身体，为祖国的科学事业工作50年！课题，就是project，是科学研究中核心的东西。大多在做什么东西之前，都有所谓的驱动力，标准的驱动力是问题，ques tion. 科学研究就是要解决一个什么问题，这样有一些优点和缺点，优点是非常明确，缺点是似乎窄了些，容易忽略其他一些看似无关其实很有关的东西。对所谓question的强调，国内研究生的教育似乎很不够，我的研究生主要 project是和生化所吴家睿组合作的，一起meeting的时候，吴老师上来第一句话就是，so what is the question? 那时是我二年级，以前从来没有人对我说过类似的话，一下子我就明白了许多许多。可能这就是所谓正规教育的意思。这个question和开题报告类似，但我感觉不完全一样。感觉，说不出在那里，好象讲question，操作性很强，我们很容易说这个问题是不是重要的问题，是不是好的问题。一次，有个博后问个已经退休的大牛，what is a good question? 大牛说，oh, it is a good question. 基本上的判断是这个问题解决后是否有助于对某某知识的理解，已经，在现有的条件下是否可能解决。 watson and crick 提出的问题就是一个好的问题，DNA的结构是什么，尽管当时没人相信这俩人能整出这个问题来。这个问题是重要的，解决后会开辟新的世界，而当时的技术条件也完全有可能解决这个问题。 Watson是个很鬼的家伙，对生物学有很好的直觉。这点很重要，我们可以说某人某人很聪明，很能干，但对生物学有没有预感，有没有直觉，确是先天因素居多。就象张五常悼念杨小凯的文章中提到的对经济学的预感一样，ps.我很喜欢张五常。这是个既聪明，又有直觉的经济学家。所谓预感说的明白点就是，你怎么知道这个问题重要，或你怎么知道这个问题现在可以这么解决。 Watson的故事充满机遇，但在机遇后面的是他对生物学的热爱和追求，其实我更喜欢Crick，不喜欢Watson式的追求。言归正传，我研究生做脂肪细胞的分化机制，我们用的前脂肪细胞，在分化前是象成纤维细胞一样形状的，在培养皿中生长到接触抑制，用胰岛素，糖皮质激素和增高胞内cAMP浓度的药物进行刺激，细胞受到刺激后，先发生两轮细胞分裂，再真正开始向脂肪细胞方向，分化成熟后细胞充满脂肪滴，整个细胞也象胖子的肚子一样被撑圆了。:) -- 所谓自由，就是追求真理的自由。 -- ※作者已于 2004-07-28 18:06:23 修改本文※
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	作者： FADAI (花钱发呆)
	标题： Re: 最后的学生时代研究生的炼狱（FROM光华）
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	发贴时间： 2004年07月28日 18:00:55
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	发信人: qqz (球球), 信区: biology 标题: 最后的学生时代研究生炼狱之课题启动发信站: 饮水思源 (2004年07月24日14:31:08 星期六) 最后的学生时代研究生炼狱之课题启动 aspirin问的好，这个研究有什么重要呢。问题有所谓层次之分，作为PI主要思考的问题是，这个group的方向，研究生主要思考的问题是，自己的p roject有什么意义，以及与大方向的关系，博后主要思考的问题是，自己感兴趣的问题是什么，什么是可以在博后阶段和自己的实验室中可以连续进行研究的。当然，没有这些思考可能也会发表一些好的文章，但无疑是走不远的，所谓不想当元帅的士兵不是好士兵吧。就我的研究生课题而言，大方向是脂肪细胞的分化机制，有什么意义呢，简单的说是减肥，复杂的说是研究机体的能量代谢。因为脂肪细胞的功能不仅仅可以储存能量，而且能够调控机体的内分泌平衡，脂肪细胞可以分泌许多激素调控机体的各个方面机能。我们的体系是一个体外细胞系，诱导分化的这些激素在机体的生长发育中也有重要功能，比如胰岛素在诱导分化时激活insulin-like growth factor 1受体，而IGF-1已知是非常重要调控生长发育的激素，去年有个组把IGF-1受体杂和缺失，小鼠还长寿来着。cAMP不用说了，是激活细胞分化信号途径中的重要第二信使，而如果给一个人糖皮质激素，很快会催肥,（你说这玩意跟养猪的四月肥有什么关系没有）。作为老板，就得思考怎样对这些信号通路进行研究，了解了研究脂肪细胞分化得途径后，我们就有可能进入体内，了解在体内那些信号通路是否起着同样得作用，而这些信号通路怎样与机体的生长代谢联系起来。我们组的课题就是围绕这些来的，有人做IGF-1受体在细胞膜上与小窝蛋白cavoe lin的相互作用，我第一个课题做诱导后细胞分裂与细胞分化程序和MAPK信号通路的关系，第二个课题做IGF-1受体下游蛋白的相互作用，还有人做I GF-1受体下游信号分子PI3K对细胞分化的作用。当我刚开始投入课题时，就开始思考诱导后细胞分裂与细胞分化的关系。首先要做的时把本领域的大综述全看一遍，当时看了几篇Annual review 和cell上的review,然后对这个领域进展到什么程度有了个理解，看这些综述的时候，一开始要很认真的记笔记的，不然没有人可能记住那么多知识。没有人对我说应该这么做，但是这时很清楚的常识，遗憾的发现后来实验室的师弟师妹们好象没有谁象我一样一开始下这些功夫的。老外的研究生教育就会教你做这些，他们会给你一个模拟的project，或让你自己去找个project来，看文献，做个 grant 的proposal，你的研究生委员会3－5个教授听你给talk打分，决定你是否通过。这样，就算没吃过猪肉，也算见过猪奔了。对课题深入到什么程度，基本决定你研究做到什么水平。在对本领域文献阅读的时候，你大概可以有以下收获， 1，这个系统是怎么来的，有什么优点和局限， 2，针对这个系统的研究集中在哪些方面，进展到什么程度， 3，人们怎样设计实验解决问题，这就是照葫芦画瓢的学习，谁也没有天生就知道怎么做科学研究，再天才也是后天学习的，只不过天才学的快而已比如说1，这个系统别人用的最多，那么有什么局限呢，肯定是有的，有没有可能改进呢，这是最难的一步，original work。 2，别人大多做什么，一个别人没有注意的问题是不是也是重要的问题呢？我的课题基本上从这一点来。以前建立这系统的人就发现用激素诱导以后细胞会先分裂，他们肯定也觉得很奇怪，但是不知道是方法局限，还是没有care，他们就想当然的认为，这个细胞分裂对分化应该是十分重要的，因为在淋巴细胞分化中细胞在分化之前也会分裂，叫克隆扩增，于是他们也把这个脂肪细胞分化中的细胞分裂叫做克隆扩增。而当我看到所有以前跟这相关的文献时，发现所有说克隆扩增对脂肪细胞分化重要的文章其实证据都是非常weak的，比如说我用了什么什么药物，抑制了克隆扩增，也抑制了细胞分化，所以克隆扩增是分化必需的，这里的逻辑关系傻子都知道有问题。于是最初文章里面的suggest，最后就变成了indicate。蒲慕明说过，确实有一些最初是没有证据，或很弱证据的，传了传就变成了真是这么回事了。大家看文献的时候值得注意。因此我们发现这是个没有人注意的问题，值得深入研究。但是，这并不是个常规的课题，这种所谓钻空子的研究其实很冒险因为你支持流行的观点，别人会说，你的观点并不novel，我们都知道了，而如果你试图推翻流行的观点时，你必须拿出绝对可靠的证据。因此实验室的师姐当得知我做这个课题时，好心的劝我再做一个别的，保险。幸运的是，我们花了不长的时间就拿出了绝对可靠的证据。 3，从这个课题中，我从老板那里学到了非常宝贵的思考问题的方法。一开始，谁都知道诱导把三条信号通路，IGF-1受体酪氨酸激酶途径，cAMP途径和糖皮质激素途径，都激活了。但究竟谁应该对克隆扩增负责并不清楚。于是老板说我们先把这个搞清楚，一个简单的细胞计数实验我们就知道了只有IGF-1途径才能够激活克隆扩增。而在之前当然需要用细胞生物学方法把细胞分裂的周期搞清楚，这是和吴老师合作的结果。我们清楚知道细胞诱导后什么时候进入S期，什么时候进入G2/ M期，什么时候完成分裂。于是我们单独用其他两种激素诱导，细胞并不发生完整的细胞分裂，整个细胞的数目增加约30％，但细胞的分化仍然能够部分进行。那么我们面临两种可能性，第一，与流行观点相符，只有发生了分裂的细胞才进行分化；第二，与流行的观点相反，没有发生分裂的细胞也能细胞分化。怎么能证明这两种可能性中的一种呢。我当时可是吃饭的时间都在想，看了许多文献，最后还是老板的脑子，想出个法子，用BrdU将细胞在诱导分化后，细胞分裂前标记，这样进行了DNA复制的细胞，就是进行了细胞分裂的细胞就呈现brdU阳性，用免疫荧光可以在显微镜下识别，再专染细胞核的染料DAPI，对全部细胞总数进行统计，成熟脂肪细胞则可以通过细胞中含有大脂肪滴，形态发生变化进行识别。这样我们就能知道，最后的成熟脂肪细胞中，有多少是经过了细胞分裂的。结果让我们振奋，确实，只有 cAMP途径和糖皮质激素途径激活诱导分化而成的脂肪细胞是不经过DNA复制的。在我们树立某一个可能特别重要观点的时候，我们往往需要不只一个证据。最初是实验室的哥们看到这篇文章，有一个针对MAPK的抑制剂不影响细胞分化，而MAPK是IGF-1的下游分子，所以如果这个抑制剂能够抑制细胞分裂，我们就可以说IGF-1信号途径，乃至MAPK途径的激活是细胞分化所非必需的了。all of results turned out to be what we expected exactly .这其实只是一个简单，而清楚的story，neat story往往是老外对story or talk很高的评价了，因为它清楚的说明了一个问题。所以这个结果投到 JBC，没有修回就接受了，高兴之余老板说，亏了，好歹也该try个更高的，被拒了才心里觉得合算。从这里我学到了最简单的研究三板斧，比如说跟踪某个分子在一系列过程中的行为变化。我现在做大脑皮层的神经发育，针对一个转录增强因子的功能，在原代培养的大脑皮层神经元中做，神经元的体外培养历经了一个逐渐发育成熟的过程，而神经元的功能单位比如突触也是逐渐发育成熟的，于是我就用三板斧，看看这个转录增强因子，和CREB，已知活性诱导的转录因子的表达和磷酸化变化，结果出人意料，显示这个转录增强因子是随着发育成熟的过程而被诱导的，我们很容易想到它是被活性诱导的，因为神经元的这个发育过程伴随着自发活性的增强和同步化，而CREB，众所周知的转录因子，表达是不变的，但磷酸化水平在神经元体外培养的过程中出现一个峰，这个峰我们怀疑是与神经元的体外网络成熟有关的。最后忘了说，对于研究生来说，big picture的手头project的关系，一个研究生大局观越好，越能下出绝佳的招数，跟下棋差不多，怎样把一大盘棋下好，是任何时候都不能忘的。任何时候总是说的容易，当课题进行到昏天黑地地时候，往往不容易把握，没关系，当清醒一些时就该抬起头来想一想：棋下到哪儿了？ -- 所谓自由，就是追求真理的自由。 ※ 修改:·aspirin 於 07月24日19:16:33 修改本文· -- ※作者已于 2004-07-28 18:03:29 修改本文※
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